2007年5月25日，汕头市南澳县公安局云澳边防派出所接群众举报在乌屿与官屿之间的半潮礁海域有三艘渔船在水下打捞“古董”。经有关专家鉴定，这批文物主要为明代瓷器。考古人员其后初步判定水下为一艘明万历年间的古代沉船。这是南海海域继“南海Ⅰ号”后，发现的又一艘保存较完好、满载珍贵瓷器的古代沉船，被命名为“南海Ⅱ号”。

　　2009年9月，“南海Ⅱ号”更名为“南澳Ⅰ号”。

　　2009年9月26日，汕头“南澳Ⅰ号”水下考古抢救发掘启动仪式在南澳县云澳镇举行。

　　2010年2月5日，国家文物局局长单霁翔带队赴南澳岛召开现场会，将汕头“南澳Ⅰ号”发掘工作列为国家水下文化遗产保护中心2010年“一号工程”。

　　2010年4月9日，承担汕头“南澳Ⅰ号”古沉船打捞任务的广州打捞局“南天顺”打捞船到达云澳三点金海域，对“南澳Ⅰ号”古沉船遗址进行定位，标志着汕头“南澳Ⅰ号”水下考古发掘工作正式启动。

　　2010年4月10日，汕头“南澳Ⅰ号”水下考古队队员首次下水探摸，顺利找到古沉船，设置定向标志，采集散落文物，并首次出水文物百余件。

　　2010年5月1日，“南天顺”打捞船考古现场首次向媒体开放。大量文物出水。

　　2010年5月18日，彩釉瓷器首次出水。

　　2010年5月19日，汕头“南澳Ⅰ号”2号舱文物首次“露脸”，回青料的青花瓷、木秤杆首次亮相。

　　2010年6月18日至7月9日期间，水下考古取得重大进展。考古队员在8号舱内发现了大量罐装铜钱，共逾万枚。霁蓝釉青花花卉纹碗首次出水。

　　2010年7月21日，今年考古任务完成。